La berbérine est un alcaloïde naturel de couleur jaune vif. Sur le plan chimique, elle se présente sous forme de cristaux jaunes ou de poudre jaune. Elle est soluble dans l'alcool et l'eau.
Sur le plan de la composition, la berbérine est un alcaloïde isoquinoléinique, ce qui signifie qu'elle appartient à une classe de composés chimiques présents dans certaines plantes. Elle est présente dans plusieurs espèces végétales, notamment l'hydraste du Canada, le berbéris, le coptis et le phellodendron.